拿到朱常洛手书的西厂组建计划后，魏忠贤便开始对徐光启的通州兵进行整编、扩编与改编。徐氏通州兵共942人，其中战斗人员有672人，辎重及斥候部队共120人，未编人员150人。
他先将150名未编人员中的112名（一个满编标准局）编入了战斗序列，剩下的38人则编入辎重斥候及部队。
这样一来，徐氏通州兵的战斗部队就变成了7个局，合21个旗，合63个小队。其中百总7人，旗总21人，队总63人。
整编完成后，魏忠贤拿着皇上的手谕去御马监，要求掌印太监商经颖调两千五百精锐给他。
商经颖是万历朝的老人，为人中正、忠诚。无论是争国本、争册立、争三王并封还是妖书案、梃击案，他都没参与。他秉持的理念一直都是，御马监只忠于龙椅上的皇帝。
在收到魏忠贤送来的调令之后，商经颖立刻就去求见皇帝朱常洛。在这次短暂的面圣中，商经颖告诉朱常洛，御马监下辖的作战部队只有勇士营和四卫营，这两营禁卫加起来并算上后勤部队才堪堪七千人出头。要是在短时间内调走两千五百名战兵恐怕会出大问题。
朱常洛听了之后深以为然，于是便命令商经颖先拣选五百精锐给魏忠贤使用。至于其余的人手，则诏令御马监从民间新募士兵两千五百人，等其中两千人到后，再抽调御马监原有精锐两千人供魏忠贤使用。
朱常洛之所以非要抽调御马监的人，而非锦衣卫的人去补充西厂，一是为了混淆视听，二是因为在京锦衣卫总计不到六千人，一下子抽走三千，就算不考虑日后清查锦衣卫系统时可能发生的包庇行为，也得考虑京师的治安问题。
至于京营，......还是算了吧。
因为御马监的招人标准很高，所以当左光斗用一封弹章引爆“东厂贪帑勒索案”时，魏忠贤才堪堪收到314个的新兵，算上之前一口气调来的500人，西厂才扩编57個队（剩下的是辎重及斥候部队），满打满算不过110个12人小队。
根据皇上手书的建厂计划进行改编之后，行动单位取消“鸟铳”与“杀手”的区别，去掉原来的冠名，改冠“执行”二字。
所有的12人小队统称为“执行队”，由队总1人，刀盾兵3人，长矛兵2人，朴刀弩兵2人，朴刀火枪兵3人，火兵1人组成。
3个执行小队组成执行小旗，设旗总1人；3个执行旗组成执行总旗，不再称局，设总旗总（取消百总称谓）1人；3个执行总旗组成执行中队，设把总1人；3个执行中队组成执行大队，设千总1人。
因此，执行小队12人，执行小旗37人，执行总旗112人，执行中队337人，执行大队1012人。
原则上，执行大队为最大执行单位。如果遇到特殊情况需要更多人手，则西厂提督在得到皇帝的允准后，可以以执行大队为基础成立特别执行队。特别执行队成立后，西厂千总有权调动同等人数的锦衣卫，或者一个卫所的所有兵力协同办案。
特别执行大队完成任务后，任务报告将受到由刑科、司礼监、西厂内部监察机构组成的临时联合审查团的审查。
由于御马监按照皇帝的命令只拨了士兵而没拨军官，因此仅是这次小规模的扩编就让接近四分之一的徐氏通州兵军官往上升了一级。